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轉錄調控

通過(guo)高通量測序獲(huo)得某(mou)一物種特(te)定組(zu)織或(huo)器(qi)官(guan)在某一(yi)狀態(tai)下的(de)轉(zhuan)錄本(ben)序(xu)列信息，廣泛(fan)應用(yong)於(yu)動植物(wu)研究、基礎(chu)研(yan)究(jiu)和臨床診斷等領域(yu)。

真核轉錄組（有參/無參）

能(neng)夠(gou)獲得某一物種特定組織或細胞(bao)在(zai)某一狀(zhuang)態下轉錄的所(suo)有mRNA序列信(xin)息，分(fen)析基因(yin)表達水(shui)平(ping)、差異(yi)表達(da)基因、可(ke)變(bian)剪切、基(ji)因融合(he)、基因結(jie)構(gou)優化、SNP、SSR和預(yu)測(ce)新(xin)轉錄(lu)本等。

全長轉錄組（有參/無參）

基於PacBio單(dan)分子實時(shi)測序技術(shu)，直(zhi)接獲得從(cong)5’末(mo)端(duan)到(dao)3’PolyA尾(wei)的高質量(liang)全(quan)長(zhang)轉錄本序列(lie)，從而對(dui)同(tong)源(yuan)異構體(ti)、可變剪接、融(rong)合基因、同源基因等(deng)進行精確分析。

LncRNA測序

通過高(gao)通量測序技(ji)術結合生物信息(xi)學方法在整(zheng)體水平上揭示(shi)樣品中(zhong)lncRNA及(ji)mRNA的全麵(mian)信息。

表達譜測序（有參）

直接對某一物種(zhong)或特定(ding)細胞在特定功(gong)能狀態下產(chan)生(sheng)的mRNA進(jin)行(xing)高通(tong)量測序，研究基因的表(biao)達差(cha)異情(qing)況。一次(ci)測序可產生5M以上的mRNA標簽(qian)，可準(zhun)確檢(jian)測低豐度(du)基因轉錄本，並(bing)同時檢測反義(yi)鏈轉錄本。

文章案例
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已知和(he)新的ARID1A與(yu)胃癌無進展生存期(qi)的關係(xi)

Iso-Seq揭(jie)示胃(wei)癌(ai)分子亞型(xing)的轉錄本複(fu)雜(za)性

 

新加坡國(guo)立大學杜(du)克醫(yi)學院的研究者(zhe)結合lso-Seq和RNA-seq測序方法(fa)，以(yi)全麵探(tan)究胃癌（Gastric Cancer，GC）分子亞(ya)型中轉錄本的複雜性(xing)。研究者對10個GC細胞係（包含(han)四(si)個主(zhu)要(yao)的分子(zi)亞型）進行Iso-Seq測序，共鑒(jian)定出(chu)60,239個非冗餘全長轉錄本，其中66%轉錄本是新發現的，研究發現新轉錄本普遍(bian)表達水平較(jiao)低，外(wai)顯(xian)子數(shu)量較多(duo)，具有較長的編(bian)碼(ma)序列長度，且(qie)大多數新轉錄本都發生了(le)可變啟(qi)動(dong)子事(shi)件(jian)。臨(lin)床(chuang)研究表明可變啟動子的使用與患(huan)者的無進展生存期相(xiang)關。該(gai)研究為(wei)GC和其他(ta)胃腸(chang)道惡性腫(zhong)瘤的深(shen)入(ru)研究提供了豐富的全長轉錄組數據(ju)資(zi)源。

參考文(wen)獻(xian)：Huang Kie Kyon, Huang Jiawen, Wu Jeanie Kar Leng et al. Long-read transcriptome sequencing reveals abundant promoter diversity in distinct molecular subtypes of gastric cancer[J]. Genome Biol, 2021, 22: 44.